1198-1214 : le petit Interrègne.

Fils de Frédéric I, Henri VI, pendant son court règne (1190-1198), séjourne à Strasbourg et Haguenau. Il aura le temps de faire condamner à Haguenau son royal prisonnier, Richard Cœur de Lion à une forte rançon pour «attitude hostile à l’égard de l’Empire»… Sa mort prématurée déchaîne les rivalités pour le trône impérial et ambitions territoriales en Alsace.

Dès 1198, il y a deux candidats au trône: Philippe de Souabe-Hohenstaufen et Otton de Brunswick que le pape Innocent III, l'évêque de Strasbourg Conrad de Hunebourg et le comte d'Eguisheim reconnaissent. Philippe se venge, dévaste l'Alsace en 1200 et s'en rend maître. Son assassinat en 1208 entraîne la reconnaissance d'Otton. Reprenant la politique d'hégémonie germanique sur l'Italie, ce dernier finit par se brouiller avec Innocent III qui suscite contre lui le jeune roi de Sicile, Frédéric, fils d'Henri VI, âgé de 16 ans.

Le "Gamin d'Apulie" traverse Italie et Alpes, s'en vient sur le Rhin en 1212, rallie à sa cause toute l'Allemagne du Sud. L'échec d'Otton en 1214 à Bouvines contre Philippe Auguste le discrédite et Frédéric II n'a aucun mal à se faire reconnaître roi.